阿里佛法之家再次着火了! AI算法仅需半小时即可分析病毒基因!

阿里巴巴佛法研究所正在使用AI算法来应对新的冠状病毒性肺炎流行。 2月1日,浙江省疾病预防控制中心启动了自动化的全基因组检测和分析平台。使用阿里达玛研究所开发的AI算法,可以将可疑病例的原先几小时的遗传分析时间缩短到半个小时,从而大大减少了诊断时间并准确检测了病毒的突变。

佛法研究所算法专家顾飞博士在疾病预防控制中心的基因测试和分析现场

目前,全国新型冠状病毒性肺炎的流行仍很严重,快速准确的诊断对于控制流行尤为重要。公开信息显示,该病毒是基因组序列最长,全基因组序列为29847 bp的病毒之一。临床诊断需要将患者样品与病毒基因序列进行比较以确定诊断。

目前,核酸检测方法在医院中普遍使用,只能检测部分病毒基因。由于病毒中可能发生突变,因此这种检测方法对整个基因序列视而不见。病毒突变后,似乎会被遗漏。

新的冠状病毒结构

与传统的核酸检测方法不同,全基因组检测技术可以对可疑病例中的病毒样本进行全基因组序列分析和比较,从而可以有效防止病毒突变引起的漏检。阿里巴巴佛学院与捷仪生物技术有限公司共同开发的平台采用全基因组检测方法,其突破在于大大缩短了检测时间。

在遗传分析阶段,阿里巴巴佛法研究所和阿里云弹性计算团队提供的系统还可以提供快速的病毒剪接功能,可以快速,准确地捕获突变的病毒序列,二级结构和三维结构,并提供病毒疫苗和药物的基础。

设置基因测定的参数

诊断效率的提高归功于算法的创新。佛法学院小组分析了新的冠状病毒基因的特征,并介绍了多种算法模型。在序列比对过程中,Dharma Institute向比对算法添加了分布式设计,从而提高了比较效率。在病毒序列剪接阶段采用分布式设计的de Bruijn图算法对突变病毒进行准确检测。

浙江省疾病预防控制中心基因测序主任孙毅博士说:“该平台基于阿里云的强大计算能力和达摩研究院的新算法为病毒分析提供支持。它将基于此平台,可能整合试验的范围涵盖了整个确诊病例,这也为后续疫苗和药物开发奠定了坚实的基础。“

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